多序列比对可视化工具 (JWE)

这是由佳吾益（JWE）倾力打造的、性能卓越的多序列比对（MSA）可视化工具。它高度集成于页面内，旨在为生物信息学和分子生物学研究人员提供直观、流畅、可定制的序列分析体验，助您洞察细微差异，加速科研进程。

核心功能深度解析:

  • 内置星型比对（Star Alignment）引擎:
    为了提供稳定可靠的本地比对服务，我们放弃了对外部库的依赖，在前端集成了基于经典 Needleman-Wunsch 全局比对算法 的 Star Alignment 策略。 该算法的特点是：

    1. 以第一条序列作为“中心序列”，将所有其他序列与之进行配对优化。
    2. 通过高效的 Gap 联合（Gap Union）机制，确保所有序列在整体长度上对齐，最大化同源性区域。
    3. 即使在离线状态下也能快速处理中小型数据集，保证了比对功能的可靠性和本地运行的卓越性能。

  • 专业级配色方案与残基高亮:
    本工具提供了丰富的生物信息学配色方案，极大地增强了比对图谱的生物学意义和可读性：

    • 疏水性 (Hydrophobicity): 基于残基的亲水/疏水特性进行着色，有助于识别潜在的跨膜区域或溶剂暴露区域。
    • 埋藏度 (Buried): 强调残基在蛋白质结构中的埋藏或暴露程度，常用于辅助结构预测和分析。
    • Clustal & Taylor: 经典的生物信息学配色标准，用于快速识别保守残基和功能域，符合行业习惯。
    • Cinema: 一种流行的、高对比度的配色方案，侧重于残基的化学类型和极性，提升视觉差异度。
    • Nucleotide: 针对核酸序列（DNA/RNA）进行优化，便于核酸比对的可视化分析。
    • (更多方案，如 Clustal II, 螺旋区, 股区, 转角区 等，可在下拉菜单中选择。)
    用户可随时在操作面板切换配色方案，根据残基的生化特性（如电荷、大小、埋藏度等）进行高亮显示，实现对序列保守性和功能位点的精确分析。

序列输入

操作面板

比对可视化视图（向后滑以完整加载）

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